המבנה הייחודי של "אורות פנימה" הוא תולדה של הבנת חשיבות הקשר האישי כמפתח המרכזי להגיע לעולמה הפנימי של כל אחת מהבנות.
הפעילות מתקיימת כשעה שבועית במערכת, בקבוצות קטנות של כ-10-15 בנות, לאחר כל פעילות, מוקדשת שעה נוספת לשיחות אישיות של המנחה עם הבנות.
השיעורים מועברים כסדנא חווייתית המשלבת משחק ועזרים אטרקטיביים, דיון בקבוצה ולימוד מקורות מעולם התוכן היהודי.